灵芝菌丝体就是灵芝孢子（灵芝种子）萌发形成菌丝。灵芝菌丝不断地分解，吸收养份，在合适的光照，空气，温度等其他条件适宜时就形成了灵芝子实体。子实体成熟后弹射孢子粉，也就形成了灵芝的生活史。灵芝子实体所需要的构成物质，有一半以上的营养物质来源于菌丝体中的贮存养份。所以菌丝体的营养含量和灵芝多糖的含量一般上会比灵芝子实体和灵芝孢子粉高出许多倍。

菌丝体和孢子中一样都含有多糖类、核苷类、呋喃类衍生物、甾酵类、生物碱类、蛋白质、多肽、氨基酸类、三萜类、倍半萜、有机锗、无机盐等。灵芝多糖是灵芝的主要有效成分之一。

灵芝菌丝体为白色绒毛状，由成千上万条菌丝互相结合所构成的。菌丝体再互相结合便形成各种菌丝组织。灵芝的菌丝体是其营养体。在自然条件下，它侵入到腐木、朽木等适于其生长的基质中；在人工培养条件下，则生长在培养基或培养料中。在基物的表面，菌丝体会形成白色、绒毛状菌丝层，它是由菌丝体的气生菌丝及分泌物共同组成的一种营养结构。菌丝体一般发育顺序为：初生菌丝体、二次菌丝体和三次菌丝体。